張玉慶順利的佔領了一段城城牆。隨後，義軍軍紛紛湧了上去。這邊苗向軍也在，他指揮著義軍軍攻入了城門，開始拾府城內的清軍。陳光輝也不示弱，他一馬當先，也殺進了臺南府城。他直奔城牆而去，他要抓住徐強和方耀漢。
此時的唐家龍和楚開疆正在攻打嘉義縣城。嘉義是臺灣的一個大城，雖然只是一個縣城，但是它比一個州的首府都大。
這裡，攻城的主要阻力是臺灣當地的土著地主武裝。久攻不下之後，他們也動用了艦炮。出人意料的是，在嘉義的城門被大炮轟開以後，這裡的鄉勇竟然知道利用民居，同義軍打起了巷戰。
這使得楚開江大為惱怒。他便讓義軍用手榴彈開路。先往前方扔手榴彈，然後再往前進攻。這一下子使得鄉勇死傷慘重，紛紛躲到了，兩邊的民居里邊。
楚開江要放火燒燬民居，唐家龍沒有同意。他拿出擴音器來，先喊話，要求居民不要收留那些地主惡霸的鄉勇，不要對抗義軍。
他隨即用擴音器解說義軍的政策，是為了讓廣大百姓過上好日子。並表示，如果他們堅持與義軍對抗的話，他就放火燒燬嘉義城。這一下，不單單是居民，就連鄉勇勇都害怕了。但走出來又是死路一條，這讓他們非常的糾結。
唐家龍又喊話，鑑於嘉義的鄉勇並沒有參與鎮壓農民義軍。他允許嘉義的鄉勇投降。否則殺不赦，而且要株連，最少是滅三族。
這一下才使得許多的鄉勇都走出居民的家，出來向義軍投降了。
嘉義之戰至此很快就平息了下來。在嘉義也抓到了好多曾經參與過鎮壓鄭賀起義的鄉勇，通過他們自己的檢舉揭發，和老百姓的指認，挑出了那些有義軍人命的鄉勇，
唐家龍在嘉義一次殺了400多個人。這也大地震懾了當地的土著。使他們不再敢抗義軍。
打下嘉義縣城以後，唐家龍聯繫了陳光輝，得知他們已經攻下臺灣府以後，唐家龍便沒有再繼續南下。而是在嘉義建立政權，組織民眾進行土改運動。
他在這裡把收攏的俘虜和新加入義軍的戰士們，全都組織起來，又進行了一次憶苦思甜運動。並講述了將來美好的生活前景。使得軍心又大大的凝聚了一次。
這時綠秀林從中路進攻，也到了嘉義，並進入了嘉義城。唐家龍這才給山寨發電報，說已經全部佔領臺灣。後邊的工作，就是在臺灣沿海的幾個大城市駐守，以防清軍從大陸派兵反撲。
其時，清廷正在從福建和廣東調兵前來臺灣。山寨在清軍內部的內線，已經把這一消息告訴了山寨。
王幹命令唐家龍派出軍艦，在臺灣海峽巡邏。遇到清軍船隻，直接在海上打沉，免得到陸上去對戰還是麻煩。
唐家龍便派出了十幾艘軍艦在整個臺灣海峽巡邏。王幹又命令楚開疆率領艦隊，去江蘇沿海，準備在松江府附近登陸，一舉佔領松江。