“吼！！！”
是初號機，初號機嘴巴大張，露出裡面細密的利齒，它伸出手一把插進真嗣待得房間之中，將真嗣拿出後放到了嘴裡。
真嗣與初號機，先動手了。
“綾！明日香，冬二，去【最底下】解決這一切的因果！”
“拜託了！”
真嗣滿臉淚水，咬牙切齒的大喊，NERV總部最底下的【最終教條】之中，還有一個關鍵性的使徒，第二使徒【莉莉絲】。
極並沒有動手，只是解決了【亞當】而已。
他將這個決斷，留給少年們。
“吼！！”
彷彿收到了初號機的召喚一般，零號，二號，三號全部出現在這裡，NERV總部遭遇滅頂之災....
禍不單行，福無雙至，第十六天使子宮天使，也出現在了NERV組織的上空。
少年們一直往地下突進，NERV組織完全無法阻止四臺機體的行動，軍事設施被侵蝕，完全無法使用，幾臺機體完全就是行走著的DG細胞擴散裝置。
最終，出現在少年們眼前的是被釘在十字架上的人形生物，只有上半身身體，它就是第二使徒【莉莉絲】，胸口插著的正是朗基努斯之槍。
“第二使徒...莉莉絲....”
綾波麗忽然有些恍惚。
“幹掉它幹掉它幹掉它！！！”
冬二面目猙獰，三號機發出恐怖的嚎叫，一把抓住了插在莉莉絲胸口的朗基努斯之槍，冬二並不是要拔出這把槍，而是要用這把槍將莉莉絲徹底洞穿！
“動手了！！”明日香同樣大吼，操控二號機抱住了莉莉絲的腦袋，口中開始凝聚漆黑的能量彈。
綾波麗並沒有動手，莉莉絲的靈魂與DG細胞的意志讓綾波麗進入了宕機一般的模式。
“真嗣！不管你做什麼，使徒出現了！”
“地面上需要你！民眾是無辜的啊！”
葛城裡美渾身傷痕，建築被eva破壞的一塌糊塗，到這裡已經竭盡全力了。
“..........”
真嗣沉默了一會兒，操控著初號機一把抓住葛城美里，開始往地面移動。
綾波麗的意識之中混亂無比，上代綾波麗的記憶，她自己的記憶，以及莉莉絲混亂不堪的記憶，甚至有真嗣媽媽記憶.....
這一切攪的綾波麗腦袋劇烈疼痛，直到一道惡魔般的身影在這記憶的世界中撕開一道口子，將一切歡迎撞碎撕扯....
最終，巨大的身影伸出手將綾波麗擁入懷中.....
綾波麗恢復了意識，零號機胸口爆發出劇烈的光芒。
“好！就這樣！”
冬二滿臉獰笑，三號機的胸口同樣爆發出光芒，二號機也是如此。
“住手！住手啊！！”
“這樣我的心血都白費了！！”
碇源堂站在地面，聲嘶力竭的嘶吼著。
回答他的是足以毀掉整個NERV總部的劇烈爆炸！