最高層在南京時還能夠統一指揮為固守南京而緊急增派各個部隊。
然而在日軍已經完成對南京的合圍的時候，最高層才把保衛南京的最高指揮權移交給唐生智。
他在指揮南京保衛戰時期，拒絕日軍的誘降，堅決表示固守，其抗日表現，無可爭辯。
但是，他在南京衛戍部隊撤退的問題上，卻應負有不可推卸的責任。
為避免南京守軍被日軍圍殲，國軍最高層於十二月十一日中午考慮南京守軍撤退，遂令顧祝同以電話轉告唐生智。
本是要求唐生智當晚渡江北上，令守軍相機突圍。
唐生智考慮到由自己曾力主固守，若突然先行撤走，怕其後責任難負，因而他要求必須先向守軍將領傳達清楚最高統帥的意圖後方能撤離。
當晚國軍最高層親自致電唐生智，令其可相機撤退。
軍令難違，唐生智這才於當夜在衛戍司令部開會研究後，才於十二日撤退。
十二月十二日中午前後，日本侵略者已攻破中華門，南京城中秩序開始陷於混亂。
沒有高級將領組織指揮撤退，十數萬中國守軍瞬間土崩瓦解，南京城完全陷入日本侵略者之手。
在南京失陷前後，國民政府各機關大多忙於政府機關的遷移工作，對於南京城陷後的善後工作以及民眾的安全問題並不關注。
國軍最高層當時高調錶態固守南京，更使得南京市民不可能對戰爭狀態有著正確的估計，他們也不可能有相應的戰敗後物質與心理準備。
南京失陷前後，大批難民湧入城中的國際安全區，而在此前國民政府對於國際安全區的支持不夠，且南京的安全區不像上海的南區難民區一樣，它沒得到日本方面的承認。
因此，它們對於難民的安全保障和生活救助非常有限。
日軍進佔南京後，從一九三七年十二月十三日起開始持續了六週的南京大屠殺。
在侵華日軍南京大屠殺中，數三十多萬的軍民屠殺，其中中國軍人大概在七至九萬人。
如果當時國軍真的抱定與南京共存亡，那麼何至於這麼多的中國軍人因沒有高級將領的正確指揮而白白犧牲？如果當時的國民政府心中真正裝著老百姓，想方設法早日安置他們撤離，何至於這麼多的市民無辜慘死？
很多的因素造成了這令人髮指的南京大屠殺，而罪魁禍首就是這些已經泯滅人性的日本侵略者。
這些日本人見人就是一個九十度鞠躬的表面假像下，暗藏著一顆巨毒無比的禍心，他們來自一個小小的島國，卻有著野獸般的性格，它們就像暗夜裡伺機而動的豺狼，隨時都想咬住中國不撒口......
此時巖井公館內，徐來看著連日來的各大報紙，心情已經跌到了谷底，辦公桌前的透明玻璃菸灰缸上堆滿了抽完的菸蒂……