此時的流星之裡，
祭壇表面奇異的符號開始不規則的扭曲，連同最中心木屋內草紙上的符號一起，彷彿受到了某種召喚，這些符號開始慢慢消失。
突然的變故驚醒了閉目祈禱的婆婆，她睜開眼，連忙走到草紙面前，嘴裡喃喃自語著，
“命數。。。變數。。。”
洞窟頂部，三顆寶石之上出現了一絲肉眼可見的黑色細線，原本純粹的光芒好像染上了瑕疵。。。
與此同時，命運中的相遇出現在世界的一角。
一位名叫富士的博士在某個神秘的洞穴裡發現了一塊化石，化石裡，有一小截難以用肉眼分辨的絨毛，但是卻引起了這位博士的狂喜。
他取出一張明顯存在久遠的殘破草圖，不停的對照著，眼神裡透露出瘋狂的喜悅，
“哈哈哈哈哈！就是它！我找到了！就是它！哈哈哈哈哈哈！”
博士的身後，一群身穿黑色制服的人守在洞外，他們衣服上面印有一個大寫的字母 “R”！
“富士博士？”
一位領頭的中年走上前，小心的詢問著，
“這是。。。”
富士博士的雙眼佈滿血絲，狀若瘋魔，絲毫沒有理會他的詢問。
就在這群人發現化石的時刻，一處神秘之地，有一棵彷彿連接天地的巨樹，樹梢之上的一個樹洞內，一隻小貓似的神奇寶貝慵懶的打了個哈欠。
大大的眼睛好奇的看向遠方，若有所思，
“咪？”
關東地區，真新鎮！
作為科研界的巨頭，大木一族的掌舵人之一，
大木博士在學術界的權威性和專業性毋庸置疑，而作為關東聯盟石英大會的首位冠軍，大木博士的實力也不容小看，畢竟，他可是一直被菊子婆婆視為勁敵的人！
真新鎮是一個風景優美的小鎮，周圍的自然環境優美，是個非常宜居的地方。
鎮子外的森林裡，大木博士正在進行關於草屬性神奇寶貝習性與日照變化的研究。
此時，時值正午，結束了對於走路草和派拉斯兩種神奇寶貝的觀察，大木博士拖著疲憊的身體返回了研究所，正準備吃個泡麵，卻突然聽見了不同的響動，
“嗯？”
大木博士走到發出動靜的地方，定睛一看，
“哦？原來是皮卡丘啊？你是從哪裡來的啊？”