紫堇市裡，隨著雷雲的削弱，天氣也變得正常，淅淅瀝瀝的雨水打溼了這座城市華麗的外衣，清涼的微風吹拂著，愜意而享受。
聯盟搜查員和道館訓練家們也放鬆了警戒，一切貌似又恢復了正常。
然而，真的是這樣嗎？
成介家中，吃過晚飯的小勇告別了熱情的一家人，獨自騎行在自行車道上，朝著神奇寶貝中心前進，之前巨大的轟鳴聲與強烈的電光，引起了許多人的好奇，大家都察覺到了天氣的異常，顯得有些不安，好在有聯盟訓練家的安撫，天氣也逐漸恢復正常，所有人才放下了心。
小勇卻回想起之前特訓結束時聽到的咆哮聲，
他知道，自己沒有聽錯，一定有什麼事情發生，但是被某些人壓制了下來。
“看來，不是完全相同的世界呢！”
若有所思的回想著來到這個世界後發生的一切，10歲以前的安穩生活讓他錯以為這個世界就如同動畫中所表現的一樣，雖然存在黑暗組織，但是這些組織大多都是以傳說神奇寶貝為目標，不會太過影響普通人的生活。
可是自從開始旅行，接連出現神奇寶貝暴動，和不知名的組織，讓小勇明白，現實世界不同於想象中的世界，隨便出現的一個前世沒有聽說過的組織，就敢攻擊像卡那茲市這樣的大城市，造成大量的破壞，再聯想到神秘的遺蹟，雷吉洛克的甦醒，遺蹟不正常的雷暴氣候。
漸漸的，小勇越發感覺到依靠前世的借鑑已經沒有什麼作用了，雖然有些事情未來仍舊會發生，但是這是一個真實的世界，到時候一定會產生不一樣的變化。
蝴蝶雖小，仍然能掀起風暴！
“想那麼多沒用，既然來到這裡，就要好好的體會冒險的快樂，完成自己的目標，其他事情與我無關，反正天塌下來還有羊駝頂在前面！”
反覆的在心裡安慰著自己，告訴自己，你只是一個普通人，沒有成為救世主的能力，別學小智！！
就這樣，轉眼間，已經到達神奇寶貝中心。
回到房間，洗漱過後，躺在床上，看著窗外的天空，腦海裡想著明天的道館賽，想著下一位夥伴是誰，想著今後的路，小勇逐漸的進入夢鄉。
雨越下越小，月亮逐漸顯露出身姿，皎潔的月光透過雲層照在大地上，似乎在抹平它的創傷。
東南海岸，一處神秘的洞窟，雷公的身影一閃而逝。