【作為登萊巡撫，他和隨後鎮守皮島的東江總兵黃龍，在發生了一些事情後關係走向破裂。】
【這件事情，還和耿仲明有關。】
【崇禎五年正月，黃龍嚮明思宗上奏，表示自己在崇禎四年四月的時候，抓住了耿仲明的心腹李梅、撫標中軍王廷臣的兄長登州委官王舜臣兩人從海上暗中走私。
他還表示，在四年十月的時候，耿仲明的弟弟耿仲裕率領自己麾下的士兵以索要軍餉為名，包圍了黃龍的衙門，把黃龍押到演武場，將其腿打斷並且割去耳鼻，並要殺掉他，因諸將勸阻而未遂。
於是，他黃龍便在十一月底的時候抓住了耿仲裕等人，並將他們就地正法。這一次上疏，就是想要讓明思宗明確這些人的罪行。】
【而崇禎四年十一月底，孫元化也上了一封奏疏，表示黃龍“隱沒兵士賞功銀，又扣剋春夏月餉”，這才“致眾兵譁噪”，也才發生了士兵將他綁到了演武場以及之後的事情。】
【明思宗在獲得孫元化的上奏之後，便表示此事交由孫元化處理。】
【總而言之，這件事發生後，雙方算是撕破了臉皮；而耿仲明——這樣一個敢於派人走私、又在隨後不依不饒的人，其心性也可見一斑。】
宋朝，開寶年間。
趙匡胤不由得為之感嘆：“這明朝還真是……！”
他覺得自己已經找不出什麼足夠貼切的形容詞來表達自己此時的感觸，於是只能說出這樣一句話。
毛文龍被殺，他的士兵大體上被重新安排了，這裡也還算袁崇煥進行了善後處理；而一些人因此心生芥蒂從而投奔他人，也是常理，況且他們投奔的還是明朝自己的巡撫。
但是，居然就這樣出現了走私事件，還沒有被處置，還轉頭差點殺了東江總兵……
——孫元化在崇禎四年十一月底上疏，告了黃龍一狀，還是告的黃龍貪汙軍餉；而黃龍則是在崇禎五年正月上疏，其中則是表示全因自己抓獲了走私，才被扣上了帽子。
黃龍到底有沒有貪汙軍餉，這一點難以證實，也難以證偽；但是孫元化對走私的問題也很難說他不知情——除非他真的全程被矇在鼓裡。
畢竟，神蹟在講到走私涉及人員時，還特意標明瞭一點：撫標，就是巡撫的直轄軍隊。而撫標中軍，則是為巡撫統理營務，算是絕對親信。
這樣的人參與走私，如果孫元化知情，那就是包庇下屬，還提前給黃龍扣帽子；如果他不知情，那同樣也不見得好到哪去。