動亂被鎮壓後，接下來，便是清算的時候了。
朱棣不是心慈面軟之人，這次的動亂根本不是民變，什麼只懲惡首，脅從不問，白蓮教都冒出來了，再不殺還留著過年？
於是乎，所有俘虜全部被砍頭，這還不算完，他們的妻小被官府沒收為奴，男丁淪為工奴，女丁淪為官妓，永世不得翻身，子子孫孫皆如為奴。
朱棣要樹立典型，震懾天下！
讓全天下看看，加入白蓮教的下場。
這就完了？
不，還有！
山.東布政使、參政、參議、按察使、按察副使、僉事……所有高官皆斬！
——罪名是包庇、放縱叛亂。
但朱棣的怒火遠不止如此，他以此罪名，開始徹底清算，凡是白蓮軍去過的地方，地方縣官、縣丞、主簿、刑名、獄卒、捕快……不僅是官，吏也沒放過，全部砍頭。
大明的官不多，但吏不少，朱棣這一下子，就殺了三千多人，不可謂不狠。
至此，消息傳遍天下，官員對白蓮教忌憚，到了談虎色變的地步，連帶著正規寺廟也受到了波及。
為了頭上的烏紗帽，也為了小命兒，地方官開始對寺廟、尼姑庵進行嚴厲排查，很多和尚、尼姑被迫還俗。
雖然不仁道，但無形中也提高了社會勞動力，這些人整日敲敲木魚，啥活不幹就有大把香油錢，整就是吸百姓血汗。
他們的還俗，有百利而無一害。
朱棣在位十八年，前十七年加在一起，也沒這一個月殺的人多，殺的群臣膽寒。
尤其是文官，更是心膽欲裂，彷彿看到了太祖在向他們招手。
朱棣殺的這些人，幾乎全是文官體系的人，武將基本沒動。
趁著這次機會，朱棣再次抬高武將地位，對參與鎮壓叛亂的將官挨個封賞，戰死的士兵、將官，撫卹金豐厚。
同時，朱棣也為武將樹立了一個典型，正面典型。
山.東沿海負責防備倭寇的都指揮衛青，一步登天，直接升至山.東指揮使。
朱棣此舉，無疑在表明：朕是愛你的，跟著朕幹，吃香喝辣！
這一套相當管用，武將盡皆歸心，紛紛上奏疏，贊同遷都。
穩住軍隊，朱棣的腰桿登時就硬了，文官集團也知大勢已去，捏著鼻子紛紛促請。
不料，這時朱棣卻不幹了，表示清算沒完。
首惡唐賽兒還沒找到，這事兒不能就這麼算了，懷疑有人在包庇唐賽兒，要嚴查、徹查。
地方清算完了，該清算朝堂了！