當初白巾起義席捲天下，各州郡流民和百姓雲集響應，紛紛頭裹白巾，以白巾軍之名起事。
可白巾軍聲勢浩大，但實際上組織很鬆散，各地白巾軍之間互不統屬，各自為戰，甚至有些起義軍之間還會為了爭奪地盤或者糧食財物大打出手，甚至相互攻伐。
到了最後，白巾軍形成了四股主要的勢力。
其中，實力最強的就是河北的白巾軍，他們最盛時擁兵三十多萬，佔據了冀並幽三州大片土地，並曾經聯合兗豫的白巾軍大舉出兵進攻司州，一度威脅到了京師洛陽，可惜在虎牢關一戰被蕭儁擊敗，死傷慘重，自此一蹶不振，只得無奈敗退回河北，最終在冀並幽三州官兵的聯手絞殺下，很快就灰飛煙滅。
其次就是兗豫的白巾軍，曾經也是擁兵十幾萬，並攻佔了兗州和豫州大量的城池，可是因為與河北的白巾軍一起攻打虎牢關失利，也是傷亡慘重，元氣大傷，最終也被兗州和豫州的官兵徹底鎮壓。
相比於河北和兗豫的白巾軍，青州的白巾軍則幸運得多，青州將軍田柏因為不堪兗豫的白巾軍的排擠，在白巾軍與官兵在虎牢關決戰之時，公開宣佈率領青州的白巾軍投降朝廷，並派兵大舉攻入冀州，導致白巾軍擔心後方有失，軍心大亂，最終不敵蕭儁率領的官兵，一敗塗地，而田柏也因為倒戈有功，被封為青州大都督，一躍成為了大寧的封疆大吏。
除此之外，還有第四股勢力就是淮南的白巾軍，他們雖然人數最少，但是淮南之地自古以來民風彪悍，因此淮南白巾軍士兵的戰鬥力反而是四股勢力中最強的。甚至揚州大都督廖修親率三萬丹陽兵前來淮南圍剿他們，也中了他們的埋伏，連廖修也慘死在亂軍之中。
可惜他們小瞧了丹陽兵的戰鬥力和戰鬥意志，一個個死戰不退，反而讓他們傷亡慘重，卻遲遲殺不退丹陽兵。
偏偏就在此時蕭儁率兵趕來救援，與丹陽兵內外夾擊，將淮南白巾軍殺得大敗，俘獲無數。
淮南白巾軍自此煙消雲散，成為四股勢力中第一個被鎮壓下去的白巾軍勢力。
雖說很多人都勸蕭儁將這些白巾軍俘虜統統坑殺，以震懾另外各三股白巾軍，但蕭儁念在不少人都是因為走投無路才不得不參與叛亂的份上，沒有對他們趕盡殺絕，只是將他們全部打散，分散安置到了淮南各縣，使他們不能再聚集在一起作亂。