後來金人終於立張邦昌為帝，擄了秦檜北去。
秦檜被俘虜這段期間，到底遭遇如何，史無可考，但相信一定是大受虐待，終於抵抗不了威脅，屈膝投降。一般認為，他所以得能全家南歸，是金人暗中和他有了密約，放他回來做奸細的。金人當然掌握了他投降的證據和把柄，使他無法反悔，從此終身成為金國的大間諜。由於他以前所表現的氣節，所以一到朝廷，高宗就任他為禮部尚書。
秦檜當權時力主和議，但真正決定和議大計的，其實還是高宗自己。當時文臣武將，大都反對與金人講和。《宋史·秦檜傳》有這樣一段記載：紹興八年“十月，宰執入見，檜獨身留言：‘臣僚畏首尾，多持兩端，此不足與斷大事。若陛下決欲講和，乞專與臣議，勿許群臣預。’帝曰：‘朕獨委卿。’檜曰：‘臣亦恐未便，望陛下更思三日，容臣別奏。’又三日，檜復留身奏事。帝意欲和甚堅，檜猶以為未也，曰：‘臣恐別有未便，慾望陛下更思三日，容臣別奏。’帝曰‘然。’又三日，檜復留身奏事如初，知上意確不移，乃出文字，乞決和議，勿許群臣預。”
這段文字記得清清楚楚，說明了誰是和議的真正主持人。一般所謂奸臣，是皇帝胡塗，奸臣弄權。但高宗一點也不胡塗，秦檜只是迎合上意，乘機攬權，至於殺岳飛等等，都不過是執行高宗的決策，而這樣做，也正配合了他作為金國大間諜的任務。
周密的《齊東野語》中，記述了兩個大官拍秦檜馬屁的手法，可看到當時官場的風氣：
方德帶兵駐在廣東，特製了一批蠟燭，燭裡藏以名貴香料，派人送給秦檜，厚賄相府管家，請他設法讓秦檜親自見到。管家叫使者在京等候機會。有一日，秦檜宴客，大張筵席之際，管家稟告：“府中蠟燭點完了，恰好廣東經略送了一盒蠟燭來，還未敢開。”秦檜吩咐開了來點，蠟燭一燃，異香滿堂，眾賓大悅。秦檜見此燭貴重，一點其數，共是四十九枝，心下奇怪為何不是整數，叫送禮的使者來問。使者道：“經略專門造了這批蠟燭獻給相爺，香料難得，共只造了五十枝，製成後恐怕不佳，點了一枝試驗，所以只剩了四十九枝。數目零碎，但不敢用別的蠟燭充數。”秦檜大喜，認為方德奉己甚專，又不敢相欺，不久便升他的官。