崇禎十三年正月二十日。
元宵過去沒幾日時間，督師楊嗣昌鑑於剿賊局勢的糜爛，且熊文燦已被逮捕入京下獄，他當即決定不再等待各路兵馬的齊聚，立即揮兵進剿流賊。
而張獻忠、白貴、常國安等人在獲悉楊嗣昌將親自督師進剿後，預感形勢必然不利於義軍，當即就把義軍兵馬帶入深山之中。
待楊嗣昌領軍追剿時，張獻忠等流賊已經由湖廣鄖陽府西進，轉入了陝西與四川的交接之地，而後又逃竄進四川。
楊嗣昌無奈，只得傳檄各路兵馬，包圍流賊的逃竄之路。
他命陝西三邊總督鄭崇儉，率領總兵賀人龍、副總兵李國奇的軍隊從漢中西鄉入川追剿；又命左良玉率主力駐防陝西興安與平利，防止流賊從四川進入陝西。
另外，楊嗣昌又派偏師三千人入蜀，追剿流賊。
對於楊嗣昌這樣的部署，左良玉堅決反對，並建言道：“若是以偏師三千人入蜀追剿，簡直就是羊入虎口。不僅沒有起到追剿流賊的效果，而且流賊逃竄的方向必然會一直向西。一旦流賊進入成都平原，那局勢必然更加難以控制。”
可是，對於左良玉的建言，楊嗣昌根本沒有采納，只是不停的催促著左良玉進兵。
為了不想重蹈羅睺山之敗，左良玉拒絕執行楊嗣昌的命令。
他帶著主力兵馬由魚渡溪進入四川，於二月一日與鄭崇儉所率的兵馬彙集。
楊嗣昌對左良玉違抗自己的命令很是不滿，當即上書崇禎皇帝，把左良玉的建言與自己的部署上奏給崇禎皇帝，請由崇禎皇帝裁斷。
並且，楊嗣昌在奏摺上言：麾下將官不聽調度，實乃無視皇權，若是進剿失敗，當與他無關。
在這個進剿流賊的緊要關頭，崇禎皇帝為了避免多生事端，當即下詔安慰了楊嗣昌，並告誡左良玉，若是兵敗流賊之手，當軍法從事。
二月初七日。
左良玉與鄭崇儉領兵追上了張獻忠等流賊大軍，雙方在太平瑪瑙山遭遇。
流賊突遭官軍，根本沒有絲毫的準備，當即向著瑪瑙山山頂逃去，準備迎敵。
左良玉雖然立功心切，但卻也沒有失了頭腦。在仔細的查看了地形險易後，他下令由自己所領官軍擔任中路和右路進攻方向，鄭崇儉所領官軍擔任左路進攻方向。
雙方以擊鼓為號，同時對瑪瑙山的流賊發起進攻。
流賊雖然人多勢眾，但卻都是一群烏合之眾，沒有多強的戰鬥力。
在經過一番激烈的廝殺後，終因實力懸殊，被官軍攻上了山頂，張獻忠等老營流賊也損失慘重。
此次大敗，張獻忠等老營流賊傷亡三千多人，其所用的鐫有‘天賜飛刀’字樣的大刀，刻有‘西營八大王承天澄清川嶽’字樣的虎符、鏤金龍棍、令旗、令箭、卜卦所用的金錢，及妻妾敖氏、高氏等七口都被官軍俘獲。
其中，十反王楊友賢投降官軍，張獻忠的軍師潘獨鰲躲在樹林中也被官軍搜出。
初戰流賊大捷，左良玉快馬急報楊嗣昌。
收到捷報的楊嗣昌當即大喜，並命左良玉將俘獲的敖氏、高氏等人全部押解到襄陽。