對於劉博源交代的任務，二人拍著胸脯保證，一定會做好預警外敵入侵的放哨任務。
做好了防備北面敵人的預警工作後，劉博源又重新將注意力，放到了清軍入寇的事情上。
七月二十日。
清軍統帥阿濟格採取避實就虛的戰術，連克昌平、定興、房山，昌平總兵巢丕昌降清。
隨後，阿濟格又放火焚燒明熹宗的德陵。
崇禎皇帝聽聞自己皇兄的陵寢被清軍焚燒，當即失聲痛哭，並急召群臣，商討攻防之策。
一向才鄙而怯、巧於趨利避患的兵部尚書張鳳翼，只得自請總督各鎮援兵出師，與宣大總督互為犄角。
崇禎皇帝大喜，立即同意他的請求，並賜尚方寶劍，給賞功牌五百個，令監理關寧太監高起潛為總監，總兵祖大樂為提督，與山海關總兵張時傑皆屬高起潛指揮。
可是，明軍在面對氣勢洶洶而來的清軍，根本不敢與之對戰，而是全都據城而守，不敢出城。
清軍如入無人之境，大肆的在京師附近燒殺搶掠。
崇禎皇帝見形勢不見好轉，遂急調正在鄖西剿賊的盧象升領軍入援，並升任盧象升為兵部左侍郎，總督宣大、山西軍務，賜尚方寶劍，以加強山西、宣大的防禦。
......
隨著清軍的入關，大肆的在宣府、薊州劫掠，遠在陝南的高迎祥等流賊，卻迎來了官軍的毀滅式打擊。
崇禎九年七月中旬，高迎祥等流賊見漢中有官軍重兵把守，無法通過棧道北上，於是決定從漢中東邊的石泉山北出子午谷，進入西安府。
率領官軍追剿的孫傳庭，對此早有預料，派駐重兵控扼西安西面的黑水峪出口。
七月十六日，高迎祥等流賊進入盩厔南的黑水峪，隨後與控扼出口的孫傳庭展開四天的激戰。
流賊初戰告捷，擊敗參將李遇春所部官軍。
尾隨追來的洪承疇見勢不妙，遂施展招降流賊的方法，分化流賊。
高迎祥手下的千公雞張二、一斗谷黃龍等人私下向官軍賀人龍接洽投降。
七月十八日。
雙方在馬召原再次展開激戰。
在激戰過程中，叛變的張二與黃龍等人利用雨後大霧，趁高迎祥下馬張弓射箭之時，偷偷的把高迎祥的坐騎和麾下部卒向南拉走。
等到高迎祥發現之後，已是來不及了。
於是，高迎祥只得脫下甲冑，躲進草叢，但卻不幸被官軍俘獲。
七月二十一日，洪承疇與孫傳庭向崇禎皇帝報捷。
崇禎皇帝大喜過望，急令二人將高迎祥押解至京師。
高迎祥的被俘，可以說是對流賊一個重大的打擊。
有一些流賊首領因此感到前途悲觀失望，便走向了乞降的道路。
如有流賊首領張妙手、蠍子塊拓養坤分別向孫傳庭乞求招安。
但是，仍有張獻忠等流賊，依舊在與官軍作著鬥爭。
七月二十六日，在高迎祥被俘後，張獻忠等流賊急忙向著河南逃竄，躲避洪承疇及孫傳庭的圍剿。