服部平次和柯南脫離大部隊，撒開腳丫子開始在滿船的犄角旮旯到處亂竄搜查線索，最後在船尾匯合。
柯南在下面機房的地板上找到了血跡和手槍的空彈殼，還有一封信，信是用打印機打出來的，信上寫著「在機房等你，古川大」。
服部平次則在餐廳旁的男洗手間裡找到一張被揉皺了的紙條，紙條上同樣是打印機的字體，上面寫著「在船尾等你，古川大。」。
柯南和服部平次相視一笑，心照不宣，各自心裡都有了答案。
柯南和服部平次的推理很簡單，他們沒有在火災現場找到固定引火裝置，兇手只有可能是趁大家被槍聲吸引到在甲板上時，躲開他們跑去在船尾放火燒掉箱子。
在槍響時和他們一起行動的鮫崎警視和鯨井先生，以及在放火前趕到甲板上和他們匯合的磯貝小姐，他們三人都有充分的不在場證明。
這樣一來，在現在無法確定屍體是誰的情況下，沒有不在場證明的只有龜田和蟹江，以及一直不見蹤影自稱是葉才三的神秘老人。
但這麼簡單的障眼法可騙不過身經百戰的柯南和服部平次都，那個誰都沒見過真容的神秘老人很明顯是兇手的圈套，那就是個根本不存在的人。
現在真相已經浮出水面了，要麼是蟹江殺了龜田，要麼是龜田殺了蟹江，而且兇手還表演了一出分身術，假扮成那個神秘老人脫罪，甚至那個人可能就是傳說中的葉才三本人。
推理結束，服部平次和柯南一起說出最後的答案。
服部平次先開口說：“現在兇手很明顯就是那個人。”
柯南也說出自己的答案：“沒錯，就是那個偽裝成死者，讓大家以為他已經死了，其實他躲在在某個地方的……”
“你在說什麼啊？”服部平次詫異地打斷柯南的話，一把摘掉屍體上的手錶說，“死者就是蟹江啊！你看這隻表，這不就是證據嘛！所以龜田就是葉才三，他用這麼殘忍的手段殺死蟹江就是為了復仇，而且我想他下一個目標就是鯨井。”
柯南激動地反駁道：“你才是在說什麼呢！你難道看不出來這是蟹江設計的圈套嗎？蟹江故意給龜田的屍體戴上容易識別的手錶，他就是要讓我們以為他已經死了，並且把罪名嫁禍給那個失蹤的葉才三，而他則暗中躲在某處。”
柯南和服部平次互相看著彼此，柯南堅持選A，服部平次堅決選B，各自堅持著自己的推理，寸步不讓！
服部平次站起來，俯視著柯南，笑道：“真有趣啊，我們好久沒有意見相反了。”
柯南雙手插兜，眼神認真起來，回道：“是啊，那還是我們第一次碰面的時候。”
服部平次回擊道：“我們再來比比看吧，看看這次誰能破案？”
柯南和服部平次的眼中充滿鬥志。
但是，這兩人似乎忘了上次破案的是……是兔川吶！
兔川這邊和中原中也聊得正起勁呢，中原中也說已經派人去接他們了，兔川想起港黑那一水兒的傳統黑色西裝，也不知道該說什麼是好。
不過，兔川也想看看柯南對上異能力會產生什麼特別的化學反應？