不動高中的舊校舍，原本是高畑製藥的研究所。
在這研究所裡，為了開發出某種新的藥物，僱傭了六個人展開人體實驗。
沒想到試驗居然失敗了，而且六個人竟然全都死了。
研究員急了，要是這事被外界知道了，他們就完蛋了。
於是，他們想出了一個狠毒的辦法，那就是把這六具屍體掩埋在這研究所裡。
有的被埋到了地基裡，有的被塞進了混凝土中，
重新裝修後，他們就把這棟建築物悄悄地捐獻給了不動高中，這就是不動高中舊校舍的由來。
不過，他們害怕隱藏起來的屍體，會因為機緣巧合被人發現。
於是，研究員們就偷偷把他們的同伴弄進了學校裡當老師。
那名老師為了不讓學生們接近屍體，就在隱藏了屍體的六處地方散播了怪談傳說。
這種行為，讓兔川該怎麼說呢？
此地無銀三百兩？
作繭自縛？
果然還是搬起石頭砸自己的腳更為合適。
對於好奇心旺盛的青春期少男少女來說，還有什麼比校園怪談更有吸引力的呢？
甚至，還在學校裡孕育出了神秘現象研究會，推理研究社這些社團。
於是，在10年的某一天，七大不可思議的第七個怪談誕生了。
之前就說過，六具屍體對應六個怪談，但為什麼是七大不可思議呢？
拜託，七大不可思議有六個不是很正常的嗎？
還有八個的呢，咳咳，開玩笑的啦。
那是在很久很久以前，也就十年前吧，有過一位因調查七大不思議而行蹤不明的女學生。
她當時是神秘現象研究會的社員，為了調查傳聞中的神秘事件，獨自來到舊校舍，聰明的她查明瞭校舍中隱藏著六具屍體的事實。
結果，在她發表了這一事實的前一天，她被人殺害了。
屍體被掩埋在舊校舍的神秘現象研究會活動室的牆壁裡，隨之而來的，便是第七宗怪談。
現如今，曾經的神秘現象研究會的活動室，變成了推理研究社的活動室。
推理研究社的社員們，正是金田一和他的學長學姐們。
他們閒的沒事幹，一拍腦門決定重啟七大不可思議事件的調查，結果……不出意外的悲劇了。