我是高中生偵探工藤新一，當我跟幼馴染毛利蘭一起到遊樂園玩的時候，目睹了非法買賣的交易現場。
專心看著交易的我，卻忽略了從背後而來的悶棍，我被那個人打暈，並強行灌了毒藥，等我醒來之時……
我的身體已經縮小了！
要是讓黑衣人知道工藤新一還活著，不但我的性命難保，連我的朋友圈也會有危險。
在阿笠博士的建議下，我隱瞞了大號，當小蘭問及我的名字時，靈機一動開了個小號，化名為江戶川柯南。
我為了蒐集那些傢伙的情報，於是住進了父親以偵探為業的小蘭家中。
今天我身體縮小後的第3天，但到目前為止還沒有黑衣男子的情報。
真是的，這種糊塗偵探，該怎麼指望他啊！
“哎呀，是洋子小姐耶！”
“哦——哦——哦！洋子！ Let's go！洋子❤！”
這個一把年紀還喜歡偶像的頹廢大叔，這種大人怎麼可能成為名偵探呢。
終於挺過了一天小學生課程的摧殘，一放學柯南就跑到阿笠博士家。
“ 哈哈哈哈哈！毛利小五郎真的那麼笨嗎？”
“是啊，那個叔叔真的很沒用！”
受不了毛利小五郎的江戶川柯南忍不住跟阿笠博士抱怨。
“唉，千萬別這麼批評人家，好歹他以前也是很有名的刑警。”
“可惡，我本以為住在他那兒能早點找到黑衣男子，拿到使我縮小的藥呢！”
“好了，彆著急了，新一。”阿笠博士接著說，“他們是為了要殺你才用那種毒藥，如果知道你沒死的消息，一定會回來殺人滅口，萬一你沒死的事情暴露了……”
工藤新一也就是江戶川柯南有氣無力地說：“我知道，我知道，萬一暴露了身份，到時候不光是我，連我身邊的人一起完蛋，對不對？”
阿笠博士想起來：“對了，昨天小蘭來找我，因為找不到你她急得要報警，不過被我攔住了。我告訴她新一可能在進奇怪的案件裡了，我這樣先把她瞞住了，能瞞多久就不知道了。”
“小蘭……”柯南的表情黯淡下來。
小蘭在家裡總是笑嘻嘻的，沒想到……為了不讓小蘭擔心，他必須加緊搜查的腳步了，儘快抓到那兩個黑衣人。