次年，他的四叔燕王朱棣起兵反抗，歷時三年攻進京城南京，奪取了王位，自封為明成祖，坐了四年龍椅的朱允炆被追逃亡。
關於朱允炆的下落，眾說紛紜，《明史》說：“有言建文帝為僧通去”，“成祖疑惠帝亡海外”，說他出家當了和尚或流亡外國了，也有史料記載說他逃去到湖南、雲南、廣西、貴州、四川，莫衷一是。
很多資料顯示，明成祖朱棣懷疑朱允炆“亡海外”之說應予排除，在朱棣登基的第四年(1405年)後，曾七次派遣“三保太監”鄭和率船隊出使西洋，其中一個秘密任務就是引渡朱允炆，但他們的行蹤遍及今東南亞、印度洋30多個國家和地區，以及日本國，歷時29年，均未將朱允炆拿獲歸案。
另外，雲南是岷王朱楩的封地，朱楩是朱允炆在位時削爵的親王之福，又被明成祖朱棣給恢復了爵位，朱楩必然要護新君主拿共同的仇敵朱允炆。
他絕不會流亡雲南。
再則，當時的廣西、貴州系少數民族聚居地，地處邊陲，經濟落後且時有叛亂，朱允炆若帶上7歲的太子朱文奎和一支不大不小的流亡隊伍去那裡，從安全和經濟方面都會站不住腳的。
眾說紛紜，歷史上也沒有詳細記錄關於朱允炆的去處。
歷史總是向前發展，往事已成雲煙。
但民間的傳說故事依然流傳，似乎有鼻子有眼，將塵封的謎團引入撲朔迷離，明朝建文帝失蹤真相至今是個未解之謎。
如果阮經天說的那個無名島是真的，那些島上的居民，應該是朱允炆的後代。
如果這些人還活著，就可以知道朱允炆究竟是怎麼來到海外的，這個謎團就可以解開了。
但是現在這些人全部被阮經天殺了。
“阮大師，無名島上不可能全部是大人，應該有老人，小孩和婦女，這些人也全部給你殺了？”陳勇問道。
“我們做海盜的，從來都不心慈手軟，斬根除草，不留下任何隱患。”阮經天很平靜的說道。
陳勇臉色頓時陰沉下來，阮經天看見陳勇的臉色，知道自己說錯話，急忙調轉話題說道：“這張龍椅坐起來非常舒服，師兄你坐上去感受感受。”
陳勇擺手說道：“龍椅我就不坐了，還是大師你請坐吧！”
說完，陳勇轉身走向臺階去，回到座位上坐下。
阮經天臉色變得有些尷尬，眼睛裡露出無比陰恨的目光，恨不得生吞活寡了陳勇，這種目光一閃而逝，馬上變成和顏悅色的笑容，說道：“時間也不早了，那就先開席吧。”