其一，李淵思想比較保守，李建成是嫡長子，李淵認為李建成當太子本身就是合理的，況且中途改立太子也是不合規矩的，雖然李世民在外征戰創下了不少豐功偉績，得百姓擁護，但是在李淵的眼裡都是李世民應該做的。
其二，李淵對李世民表現出來的野心有所不滿，李淵深知反隋戰爭中李世民起到的關鍵性作用，伴隨著李世民集團的逐漸強大，李世民也明裡暗裡向李淵透露過想當太子的想法，李淵對李世民的這個想法心生厭惡，但李世民能力太過突出，內心也害怕李世民發動政變，所以也暗地裡削弱李世民的兵權，調動李世民的部下去李建成那裡，軟禁李世民，不再讓他帶兵出征。這也是兩兄弟矛盾激化的原因之一。
李世民在創立赫赫戰功時，李建成也在豐富著自己的羽翼。李建成是順理成章的皇位繼承人，手握政權，與朝中大臣交好，拉攏自己的弟弟李元吉，期間也曾起兵反叛，就是歷史上的楊文幹事件。《新唐書》對楊文幹事件的記載是這樣的：太子李建成屢次謀害秦王李世民不成，於是決定鋌而走險，勾結自己死黨楊文幹，企圖奪取皇位。但事情很快便敗露了，李淵為了保住自己的皇位便向李世民承諾，只要他平息這場叛亂，便封他為太子。後來李世民擺平楊文幹，李淵卻聽信讒言，猶豫再三之後寬恕了李建成，也沒有履行自己對李世民的承諾，這讓李世民明白不能再相信自己的父親，也不能再對自己的哥哥手軟，若想奪皇位還是要靠自己。楊文幹事件激化了太子派與秦王派二者之間的矛盾，可以說是玄武門之變的直接導火索。
在太子派的相逼之下，秦王在手下的勸說後為求自保決定在玄武門附近發動，並親手射死了太子李建成。
史書上是如此記載：秦王以太子、齊王作亂，舉兵誅之，恐驚動陛下，遣臣宿衛。用我們現在的話翻譯一下就是今天太子李建成與四子李元吉造反，秦王率兵將他們誅殺，害怕驚動皇上，秦王便派我來保護你。這一舉動表面是鎮壓叛亂，實際上是李世民用誅殺二字來威脅李淵，而李淵也識相的當即借李世民護駕有功之名立李世民為太子。