苗族宗教信仰很是複雜，苗族的宗教屬多神教，因崇巫信鬼，又稱“巫教”，或“巫鬼教”。
苗族信奉和崇拜的鬼神甚多。如湘西花垣苗族地區，有36堂神和72堂鬼；黔東南臺江苗區有43種鬼，苗漢雜居區有82種鬼。在苗語裡，神和鬼是不分的。
但在苗族的宗教觀念中，無論神和鬼，都有善惡之分。認為“善神”能造福於人，故虔誠信仰和供祭；“惡鬼”專門與人作對，則禳祓，以躲避和驅趕。祭祀活動多由巫師主持。巫師，屬職業宗教人物，在各苗族地區情況不一。湘西和黔東北一帶分苗巫(叫“巴代雄”)，客巫(叫“巴代扎”)兩類，均父子相承或師徒相傳，子(或徒)通過“牽街”、“上刀梯”等儀式，正式成巫；還另有“仙娘”，可以“走陰”。黔東南的巫師都是苗巫，分“走陰”和“不走陰”兩種，不設祖師壇，不拜師，不世襲。黔西北的巫師“走陰”的不祭鬼，祭鬼由“不走陰”的巫師擔任，也不世襲。滇東北威寧等地苗族巫師，一般世襲，一部分外傳，正式成巫之前，先學跳鬼2～3年，再舉行立神儀式。滇東南金平縣的苗巫設有神堂，每年正月初五開堂進行宗教活動，到十二月二十九日封堂。各地苗巫有一個共同特點，即與一般僧道不同，他們同普通人一樣，過著塵世間的生活，並且不脫離生產勞動。苗巫以口頭相傳的方式，掌握大量的咒詞、秘訣和巫歌。他們最熟悉苗族的源流和歷史，最懂得本民族的各種禮儀和傳統道德規範。所以苗巫不僅是宗教人士，而且是知識文化的保存者和傳播者，在苗族群眾中很受崇敬。從內容看，苗族崇拜的鬼神和流行的祭祀典儀，大致可分成兩類：一是原始的宗教崇拜(或稱“苗神”、“苗教”)，一是各自遠古以來逐漸自發產生和形成的鬼神觀念和宗教崇拜；後者為苗族進入階級社會後，一些社會力量被神化的產物，並且在形成過程中受到了人為的宗教，如道教、佛教的影響。 苗族最原始的宗教崇拜，是由“萬物有靈”觀念產生的自然崇拜。在所謂的36堂神中有“龍公龍母”、“龍子龍女”、“白鶴仙子”、“白虎仙人”、“阿僕守代”和“阿孃守那”(即日父神，月母神)等。這些神鬼顯然都是原始的自然崇拜的產物。例如，“雷鬼”、“泉鬼”、“風鬼”、“古樹鬼”、“神山”、“神石”等。苗族的“接龍”、“安龍”等祭祀活動，也帶有原始的自然崇拜的色彩。