1871年7月，明治政府廢藩置縣，土佐藩變成高知縣。縣當局勸彌太郎將"九十九商會"轉為他私營，彌太郎同意出資4萬兩銀錢，收購該商會；翌年1月更名為"三川商會"，1873年3月又更名為"三菱商會"。
在明治政權內，大久保、大隈等人與井上馨。涉澤等人兩派勢力爭權，此消彼長。彌太郎支持大久保、大隈一派，三菱創業之初正是該派掌權，因此而發展為日本的"海上霸主"。在1879年的日本富豪排行榜上，三井家族的八郎右衛門名列第一，巖崎彌太郎已躍居第二位。彌太郎又以海運業為中心，逐步將業務範圍擴大至匯兌業、煤礦業、海上保險業、倉儲業等。
19世紀80年代，三井財閥開始了對三菱的反擊戰，擴大航運力量，向英國訂購現代化輪船，實施“殺價”競爭。1881年大隈失勢，而大久保已經去世；井上馨一派重新掌權，三井財閥得到支持。處於劣勢的三菱，虧損越積越多，幾近資不抵債，導致某些航線（如香港--琉球間的航線）停開、匯兌所關門停業。三菱已是難以為繼了。就在這一關口，1885年（明治18年）2月，彌太郎胃癌惡化而亡，年僅52歲。
1867年，16歲的巖崎彌之助到高知縣城的藩校致道館求學。兩年後，他應彌太郎的召喚，到大阪進入重野安繹私塾求學。又過了3年，1872年4月，彌太郎又安排他到美國紐約留學深造。然而不到1年--翌年2月，他又被彌之助召回，幫助他打理經營業務，在實踐中歷練。不久，他便擔任彌太郎的助手--三菱商社的副社長。彌之助在美國時間雖然不長，但畢竟大開眼界、大長見識，再加他原有的知識、學問，他成了彌之助的得力參謀和助手，成了三菱"近代派"的領導者。
彌太郎去世後，彌之助接任"三菱"社長。此時，居三菱主力的海運事業包括資產及人才，已幾乎損失殆盡。因此，彌之助所接手的"三菱"是一個"空殼"。彌之助幾乎是白手起家、從頭開始。但是，彌之助不但具有不亞於彌太郎的先見之明、決斷力及領導力，還具有彌太郎所欠缺的個性溫厚篤實、富於現代智慧。從自身傑出的素質出發，彌之助面對困境，堅定地實施"果斷決策，進退有度"的經營要訣，使"三菱"很快得到恢復和發展。