但是即便如此，一部分倭人領主還是覺得他們倭國不是大唐的對手，一旦雙方交惡的話，那麼未來倭國必受其害。
所以當濟州島大海戰以倭國水師和軍隊近乎全軍覆沒之後，倭國天皇的聲望就遭到了極大的打擊。
於是一些原本已經歸順了天皇的地方領主，便開始不再那麼尊重天皇了，剛剛統一起來的倭國，頓時就又面臨分崩離析的危機。
有些地方領主，特別是臨海的領主，於是暗地裡就開始派船出海，前往百濟或者新羅，試圖和大唐建立關係，打通商業貿易渠道。
而對於這種非官方的倭人地方領主派出的商隊，大唐給予他們了一定的優惠，沒有為難他們，准許他們登岸經商，採購大唐的商品。
而倭國天皇派出的使團被大唐驅逐回國的消息，也被有心人刻意宣揚，原本投靠天皇的領主發現，以前跟著天皇有肉吃，現在跟著天皇要吃草了，當然就不樂意繼續跟著天皇混了，反倒是他們自己暗地裡跑去大唐通商，倒是能賺得不少。
於是如此一來就更加助長了倭國地方領主和天皇之間離心離德，使得剛剛統一不久的倭國國內又開始動盪了起來，大量的地方領主開始不再聽天皇的招呼，對天皇的旨意不聞不問，甚至於乾脆直接和天皇武力對抗。
除此之外，在百濟被攻滅之後，海巡司再次得到了朝廷的批准，繼續擴兵，增加戰船數量，這次李二收回了海巡司，由朝廷直轄，將其定位成了大唐的東海水師，自然而然造船和募兵的費用也由朝廷承擔了。
於是海巡司在百濟之戰結束後，實力非但沒有減少，反倒繼續擴增。
而海巡司又領受了一個新命令，那就是對倭國沿海一帶，採取類似之前針對高句麗的方式，對於不肯向大唐低頭的沿海領主控制的沿海地區展開了洗掠行動。
於是海巡司便開始派出兩支分船隊，每支分船隊由七條海狼級和海鵠級組成，開始了無休止的對倭國沿海一帶的襲擾行動，定期進行輪換，美其名曰拉練！
倭國地方上的一些領主倒是也嘗試了自己或者和周圍領主聯手對抗海巡司的船隊襲擾，但是結果嘛……卻非常不幸，但凡是派出他們所謂的戰船和海巡司對抗的，都被打的滿地找牙，根本無一合之將。