但最危險的一次，是在他大破突厥之後。突厥是唐朝大敵，武力十分強大。李淵初起兵時，不得不向之稱臣，唐朝君臣都引為奇恥大辱。李世民削平群雄，統一天下，突厥卻一再來犯，有一次一直攻到京城長安外的渭水邊，李世民幹冒大險，親自出馬與之結盟。後來李靖竟將之打得一蹶不振，全國上下的興奮可想而知。當時太宗大喜之下，大赦天下，下旨遍賜百姓酒肉，全國狂歡五日。（突厥人後來敗退西遷，在西方建立土耳其帝國。李靖這個大勝仗，對歐洲歷史有極重大影響。我在記土耳其之遊的《憂鬱的突厥武士們》一文中曾談到。）
李靖立下這樣的大功，班師回朝，哪知御史大夫立即就彈劾他，罪名是：“軍無綱紀，致令虜中奇寶，散於亂兵之手。”這實在是個莫名其妙的罪名。太宗卻對李靖大加責備。李靖很聰明，知道自己立功太大，皇帝內心一定不喜歡，御史的彈劾，不過是揣摩了皇帝的心理來跟自己過不去而已，他並不聲辯，只連連磕頭，狠狠的自我批評一番。唐太宗這才高興了，說：“隋將史萬歲破達頭可汗，有功不賞，反而因罪被殺。朕則不然，當赦公之罪，錄公之勳。”於是加官頒賞。
更後來又有兩名大將誣告李靖造反，一個是打平高昌國的兵部尚書侯君集，另一個是大將高甑生。這二人都是李世民做秦王時秦王府中的親信武官，曾助他佔奪帝位，幸好李世民很精明，沒有偏信嫡系親信，查明瞭誣告的真相，沒有冤枉李靖，但也危險得很了。
後來李靖繼續立功，但明白“功高震主”的道理，從來不敢攬權。《舊唐書》說：“靖性沉厚，每與時宰參議，恂恂然似不能言。”又說他：“臨戎出師，凜然威斷；位重能避，功成益謙。”所以直到七十九歲老死，並沒被皇帝鬥倒鬥垮。《舊唐書》論二李（衛國公李靖、英國公李勣），贊曰：“功以懋賞，震主則危。辭祿避位，除猜破疑。功定華夷，志懷忠義。白首平戎，賢哉英衛。”
唐人韋端符《衛公故物記》一文記載，在李靖的後裔處見到李靖遺留的一些故物，有李世民的賜書二十通，其中有幾封詔書是李靖病重時的慰問信。一封中說：“有晝夜視公病大老嫗，令一人來，吾欲熟知起居狀。”（派一名日夜照料你病的老看護來，我要親自問她，好詳細知道你病勢如何。）可見李世民直到李靖逝世，始終對他極好，詔書中稱之為“公”而自稱“吾”，甚有禮貌。